給与計算は、毎月決まった手順で処理する「ルーティン業務」というイメージを持たれがちです。
しかし、その1つひとつの計算には法律上の細かいルールが積み重なっており、小さな思い込みや処理の癖が、そのまま未払い賃金や是正勧告につながることがあります。
今回は、給与計算の現場で実際にありがちな間違いのパターンを、残業代の計算と社会保険料の控除に分けて整理し、それぞれがどのような法的リスクにつながるのかをご紹介します。
よくある間違い①：残業代の計算ミス
割増率の適用を誤っているケース
労働基準法37条により、時間外労働・休日労働・深夜労働には、それぞれ次の割増率以上で賃金を支払う必要があります。
| 名称 | 内容 | 割増率 |
|---|---|---|
| 時間外労働 | 1日8時間・週40時間を超える労働 | 25%以上 ※1か月60時間を超える部分は50%以上 |
| 休日労働 | 法定休日の労働 | 35%以上 |
| 深夜労働 | 22時〜5時の労働 | 25%以上 |
「時間外労働はすべて25%」と思い込んだまま運用していると、月60時間を超えた部分の割増率引き上げ（50%以上）に対応できていない、というケースが見受けられます。
この引き上げは2023年4月以降、中小企業にも適用されているため、規模を問わず注意が必要です。
「法定休日における労働」は時間外労働の概念（1日8時間、週40時間）はなく、すべて35％以上の割増率となります。
例えば、法定休日に10時間労働した場合、10時間の全てが休日労働扱いです。
「深夜労働」は「時間外労働」や「休日労働」と重なれば、それぞれの割増率を足し合わせた割増率となります。
例えば、「時間外労働」+「深夜労働」は50％、「休日労働」+「深夜労働」は60％です。
「時間外労働（月60時間超）」+「深夜労働」は75％と大きな値になります。
割増賃金の計算基礎から、除外できない手当を除外してしまうケース
割増賃金は、原則として支払われている賃金全体を基礎に計算します。ただし、労働基準法37条5項・同法施行規則21条により、次の7種類の賃金に限って計算の基礎から除外することが認められています。
- 家族手当
- 通勤手当
- 別居手当
- 子女教育手当
- 住宅手当
- 臨時に支払われた賃金
- 1か月を超える期間ごとに支払われる賃金
この7種類は限定列挙であり、これ以外の手当は名目にかかわらず除外できないという点です。
これらの手当・賃金は労働の対価ではなく、生活補助的な性格を有するものです。
さらに、除外の可否は手当の名称ではなく、実質的な内容で判断されることにも注意が必要です。
たとえば「住宅手当」という名称であっても、住宅の状況にかかわらず全員に一律定額で支給されている場合は、住宅費用に応じた手当とはいえないため、除外対象にはなりません。
同様に「家族手当」でも、扶養家族の有無・人数に関係なく一律支給されている部分は除外できません。
この「名称ではなく実質で判断する」という考え方は、同一労働同一賃金における2026年10月改正の待遇差の説明でも重要になる視点です。
正社員とパートタイム労働者・有期雇用労働者との間で、「不合理な待遇差」がないか、改めて確認してもいいかもしれません。
固定残業代（みなし残業代）の差額を払っていないケース
固定残業代（みなし残業代）制度を導入している場合、あらかじめ定めた時間分の残業代を固定額で支払う形になりますが、実際の残業時間がその時間を超えた場合には、超えた分の差額を追加で支払う必要があります。
「固定残業代を払っているから、それ以上は発生しない」という理解のまま運用していると、超過分の差額不払いが積み重なり、後になって多額の未払い賃金として顕在化することがあります。
1分単位での計算が原則であること
労働時間の計算は、1分単位で行うのが原則です。
「15分未満切り捨て」といった形で日々の労働時間を丸めてしまう運用は、この原則に反します。
なお、1か月の時間外労働の合計時間数に1時間未満の端数が生じた場合に限り、30分未満を切り捨て、30分以上を1時間に切り上げる処理は差し支えないとされています。
これはあくまで「1か月の合計」に対する例外的な取り扱いであり、日々の労働時間そのものを丸めることとは区別する必要があります。
端数計算は1ヶ月単位が原則であること
円未満の端数計算は、50銭未満は切り捨て、50銭以上は切り上げで行うことができます（四捨五入）。
ただし、「1日単位」で端数を丸めてしまう運用はNGです。
1ヵ月分の時間外労働・休日労働・深夜労働それぞれの割増賃金の合計額に1円未満の端数が生じた場合に端数計算が可能になります。
よくある間違い②：社会保険料控除の誤り
随時改定（月額変更届）の見落とし
社会保険料の基礎となる標準報酬月額は、原則として年に1度（定時決定・算定基礎届）見直されますが、年の途中で給与に大きな変動があった場合には、随時改定（月額変更届）により見直す必要があります。
随時改定は、次の3つの要件をすべて満たしたときに行います。
- 昇給・降給など固定的賃金の変動があったこと
- 変動月以後3か月の報酬の平均額による標準報酬月額と、従前の標準報酬月額との間に2等級以上の差が生じたこと
- その3か月とも、報酬の支払基礎日数が17日以上（特定適用事業所の短時間労働者は11日以上）であること
昇給があったにもかかわらず、年1回の定時決定のタイミングまで標準報酬月額を据え置いてしまっているケースは、実務上よく見られる見落としです。
賞与にかかる社会保険料の計算誤り
賞与から控除する社会保険料は、実際に支給された賞与額（税引き前）から1,000円未満を切り捨てた「標準賞与額」に保険料率を乗じて計算します。
この標準賞与額には上限があり、健康保険は年度（毎年4月1日から翌年3月31日まで）の累計573万円、厚生年金保険は1か月あたり150万円です。
上限を超える部分には保険料がかからないにもかかわらず、賞与全額に保険料をかけてしまうと、従業員から余計に控除してしまうことになります。
産前産後休業・育児休業中の保険料免除の適用誤り
産前産後休業・育児休業中は、要件を満たせば社会保険料が免除されます。
免除の対象となる期間や要件を正確に把握できておらず、対象外の期間まで免除扱いにしてしまう、あるいは逆に対象期間なのに免除の手続きが漏れてしまう、といった誤りが起こり得ます。
令和8年度から始まった「子ども・子育て支援金」にも注意
令和8年4月分の保険料（5月給与からの天引き分）から、こども未来戦略の財源となる「子ども・子育て支援金」の徴収が始まっています。
被用者保険では、標準報酬月額に全国一律0.23%の支援金率を乗じた額を、健康保険料と一体で労使折半により給与から天引きする仕組みです。
なお協会けんぽの健康保険料率は毎年「3月分保険料」から改定されます。保険料を翌月控除（3月分を4月給与で引き落とす）としている企業の場合、4月支給の給与から新しい保険料率が適用となり、子ども・子育て支援金の導入と1ヶ月のズレが生じます。
このズレの詳しい仕組みは社会保険料はなぜ9月に変わる？で解説しています
給与計算ソフトによっては健康保険料率に完全に組み込まれ、きちんと天引きされているかまったくわからない仕様のものもあります。
ミスが招く法的リスク
こうした計算ミスは、単なる「事務的な手違い」では済まないリスクを伴います。
未払い賃金の請求と消滅時効
未払いの残業代等がある場合、労働者は事業主に対して賃金の支払いを請求できます。
賃金請求権の消滅時効は、労働基準法の改正により将来的には5年とされていますが、当分の間の経過措置として3年とされています（労働基準法115条・143条3項）。
旧法の2年から延長された分、遡って請求される期間も長くなっている点に注意が必要です。
付加金の対象になり得ること
未払いの残業代等について、労働者が裁判所に請求し、裁判所がこれを認めた場合、未払い額と同一額までの付加金の支払いを事業主に命じることができるとされています（労働基準法114条）。
この付加金を請求できる期間も、賃金請求権と同様に当分の間3年とされています。
未払い分に加えて、実質的に倍額近い支払いを命じられる可能性があるということです。
労働基準監督署の是正勧告
給与計算のミスが労働基準監督署の調査等で発覚した場合、是正勧告や是正報告書の提出を求められることがあります。
悪質なケースでは、送検に至る事例も報道されています。
なぜミスが起きやすいのか
こうしたミスの背景には、いくつか共通する要因があるように感じています。
- 給与計算の担当者が1人で属人的に運用しており、他の人がチェックする体制がない
- 割増賃金の除外賃金や随時改定の要件など、細かいルールが法改正のたびに更新されるが、追いきれていない
- Excel等での手作業に依存しており、計算式や参照範囲のミスに気づきにくい
いずれも、決して珍しい状況ではありません。
むしろ、多くの中小企業に共通する構造的な課題だと感じています。
まとめ
給与計算は、一見すると毎月同じ作業の繰り返しに見えますが、割増賃金の計算基礎や随時改定の要件など、判断が必要な場面が随所にあります。
ここで紹介したような間違いに心当たりがある場合は、まず自社の運用を一度セルフチェックしてみることをおすすめします。
チェックした結果、不安な点が見つかった場合や、日々の運用そのものを見直したい場合は、給与計算のアウトソーシングも選択肢の一つです。当事務所でも給与計算の代行を承っておりますので、お気軽にご相談ください。
ご不明な点やご相談がございましたら、お気軽にお問い合わせください。
本記事は執筆時点（令和8年度）の法令・公表資料に基づく情報です。制度の詳細・運用は今後の法改正や通達等により変更される可能性があります。個別の該当性については、事案によって判断が分かれることがありますので、最新情報は厚生労働省・日本年金機構等の公式サイトでご確認いただくか、当事務所までお問い合わせください。
